ווילי הלווייתן חוזר, הפעם מאוים ע"י ציידי לוויתנים לא-חוקיים. ג'סי, כעת בן 16, התחיל לעבוד על ספינת מחקר הלווייתן הקטלן, יחד עם ידידו משכבר הימים רנדולף ומדען עוקצני, דרו. על ספינת ציידי הלווייתנים ישנו רב-חובל ג'ון ווסלי ובנו, מקס, אשר אינו מרוצה מעבדותו של אביו, אך אין לו האומץ להביע את רגשותיו. במהלך הדרך, ווילי מתאחד מחדש עם ג'סי, שעוזר למקס להבין שלוויתנים הם קצת יותר מסתם צ'יזבורגר.